Als Klinikdirektor hat er die Dermatologie, Venerologie und Allergologie in Forschung, Lehre und Patientenversorgung entscheidend weiterentwickelt. Darüber hinaus hat er zehn Jahre die Arbeit im Vorstand des Universitätsklinikums entscheidend mitgeprägt. Während seiner Amtszeit als Ärztlicher Direktor von 2000 bis 2010 trug Kaufmann maßgeblich zur Transformation des Universitätsklinikums bei. Seine Verantwortung erstreckte sich über die Überführung des Hauses in eine neue Rechtsform mit der Konstituierung eines Aufsichtsrates, die Bildung zahlreicher Gremien und Stabsstellen bis hin zum Aufbau des Qualitätsmanagements.
Kaufmann spielte eine entscheidende Rolle bei der Erarbeitung und Umsetzung des Strategieplans sowie bei der gezielten Berufungspolitik und Neustrukturierung der Zentren. Besondere Einrichtungen wie die Isolierstation und das Universitäre Centrum für Tumorerkrankungen (UCT) wurden unter seiner Leitung ins Leben gerufen. Auch an der baulichen Weiterentwicklung des Campus’ war er maßgeblich beteiligt.
Jürgen Graf, Ärztlicher Direktor und Vorstandsvorsitzender des Universitätsklinikums, würdigte Kaufmanns Verdienste: „Prof. Kaufmann hat eine Ära der Universitätsmedizin Frankfurt grundlegend geprägt. Er navigierte in seiner Zeit als Ärztlicher Direktor souverän zwischen den Anforderungen des Vorstandes und der klinischen Praxis der Dermatologie. Im Namen des ganzen Vorstands und für das Universitätsklinikum Frankfurt möchte ich mich für seine wirklich außergewöhnlichen Leistungen für diesen Standort bedanken. Ohne Zweifel wird sein Erbe in der Institution noch lange weiterleben.“
Kaufmann prägte die Dermatologie auch durch wegweisende Forschung und Lehre. Seine Arbeit in Ulm und Frankfurt revolutionierte die Laser-Dermatologie und die Dermatochirurgie. In Frankfurt etablierte er Schwerpunkte in der onkologischen und immunologischen Forschung, entwickelte ein Tiermodell für Psoriasis und gründete eine Studienzentrale.